Gerd-Eckehard Meißner stammt aus einer Leipziger Musikerfamilie und erhielt von frühester Kindheit an Klavierunterricht von seinem Vater. Er studierte an der hiesigen Hochschule für Musik Violine bei György Garay und Klavier bei Marietta Wappler. Danach folgten vier Jahre Dirigierstudium bei Rolf Reuter und Herbert Kegel. Von 1972 bis 2015 war er Geiger im Rundfunk-Sinfonieorchester, dem jetzigen MDR-Sinfonieorchester.
Gerd-Eckehard Meißner war Mitglied des Leipziger Rundfunk-Kammerorchesters und anderer Kammermusikgruppen. Er dirigierte Benefizkonzerte und Aufnahmen mit dem MDR-Sinfonieorchester. Auch als Pianist und Cembalist konzertierte er, so unter anderem mit den Leipziger Kammerviolen und als Orchesterpianist bei Tourneen des MDR-Orchesters. Seit 1986 ist Meißner künstlerischer Leiter des Leipziger Lehrerorchesters.